Il 16 luglio 1456 la chiesa fu smembrata dall'arcivescovo di Milano Gabriele Sforza dalla parrocchia di Santa Brigida. La chiesa faceva parte dell'arcidiocesi di Milano fino al 1787. Donato Calvi nel suo Effemeride sacra profana di quanto di memorabile sia successo in Bergamo del 1676 inserirebbe la chiesa con altre cinque unite a formare la valle di Averara e dell'Olmo: Santa Brigida dell'Olmo, Mezzoldo, Averara, Cassiglio, e di Urniga.
Tra il 1517 e il 1521 fu realizzato il polittico della Madonna con la statua lignea nella sezione inferiore della Vergine, opera di Andrea Previtali. L'opera era stata realizzata e originariamente posta come pala d'altare maggiore.[1].
Nel XVIII secolo la chiesa fu ricostruita in stile neoclassico come era forma ricorrente sul territorio con la consacrazione e l'intitolazione il 28 giugno 1754d cardinale Giuseppe Pozzobonelli in data 28 giugno.
La chiesa fu ampliata nella prima metà del Novecento, su progetto di Elia Fornoni nella zona presbiterale con la demolizione della parte precedente e la ricostruzione più arretrata con la costruzione del nuovo transetto e la cupola affrescata da Umberto Marigliani
